Las auditorias de segunda parte se desarrollan por el interés de una organización hacia un tercero, normalmente son las realizadas a los proveedores, subcontratistas y franquiciados.

El objetivo que persigue es determinar la adecuación de los sistemas de gestión con los servicios que se han o se van a contratar.

Puede ser desarrollada por la propia empresa cliente con sus medios o contratarla a un tercero.

Las auditorias de tercera parte son realizadas por organizaciones auditoras independientes y externas a la organización, que proporcionan la certificación de que el sistema cumple con la norma estándar de referencia.